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Inicialmente fue clasificado dentro del género Felis, y durante bastante tiempo se utilizó esa nomenclatura (Felis uncia). Posteriormente, autores como Pocock lo situaron en su propio género, como Uncia uncia.
Sin embargo, los análisis genéticos han motivado la inclusión del leopardo de las nieves en el género Panthera, al poner de manifiesto su estrecha relación con las otras cuatro especies del mismo (Panthera leo, P. tigris, P. pardus y P. onca), fijándose la nueva combinaciónPanthera uncia. Las comparaciones del ADN mitocondrial sugieren además una relación de parentesco más próxima con el león (Panthera leo) que con el resto de especies del género.
Sunquist y Sunquist, en la obra Handbook of the Mammals of the World de 2009, apuntan a que sea una de las dos especies más tempranas en divergir del ancestro común del género Panthera.
Han sido propuestas varias subespecies para las poblaciones de diferentes regiones geográficas, sin embargo, con la posible excepción de U. u. baikalensis-romanii, que requiere una mayor evaluación, estas subespecies no se consideran válidas.